Vysoké školy (university) prošly u nás během staletí složitým vývojem. Po vyhlášení nové Československé republiky v roce 1918 byly zřizovány nové university i vysoké školy, které byly na jednu stranu veřejnými korporacemi, na stranu druhou však stále zůstávaly a byly také státem chápány jako státní ústavy. Pražské university byly v roce 1920 dokonce zákonem výslovně uznány za subjekty majetkových práv.
Od roku 1945 byly zakládány četné další vysoké školy, po roce 1948 se však postavení všech vysokých škol podstatně změnilo. Zákon o vysokých školách č. 58/1950 Sb. svěřil - podle pravidel uplatňovaných tehdejším režimem - působnost týkající se majetkových práv a samosprávy "do rukou vlády a ministra školství". Zestátněním vysokých škol došlo i k zestátnění vědy. Vysoké školy měly napříště sloužit státu a samozřejmě i jediné monopolně vládnoucí politické straně. Pozdější zákony o vysokých školách (č. 19/1966 Sb. a č. 39/1980) přinesly sice některé zčásti positivní změny, na principu se však mnoho nezměnilo. Podle tehdejší ústavy byla vedoucí silou ve společnosti i ve státě jediná komunistické strana a státním názorem stále zůstával marxismus - leninismus.
Krátce po listopadu 1989 se započalo s pracemi nad novým zákonem o vysokých školách, který byl předložen jako poslanecký návrh a schválen Federálním shromážděním ČSFR 4. května 1990 (vyhlášen pod č. 172/1990 Sb.). Zákon byl pojat jako rámcová právní úprava (45 paragrafů), která má umožnit urychlenou přeměnu vysokých škol v demokraticky organizované samosprávné instituce, na nichž je zaručena svoboda vědeckého bádání a zveřejňování jeho výsledků, právo vyučovat a učit se, jakož i další akademická práva a svobody. Současně měl být poskytnut čas pro vypracování nové, dostatečně široké a fundované zákonné úpravy, která by odpovídala zvyklostem evropských demokratických států.
Dosud však byla přijata jenom dílčí novela (zákon č. 216/1993 Sb.), která se týkala pouze otázek personálních, zasáhla výrazně do samosprávy vysokých škol a setkala se na nich s výrazným nesouhlasem (pozoruhodná je okolnost, že návrh na zrušení některých ustanovení zákona pro jejich rozpor s Ústavou a mezinárodními smlouvami o lidských právech a základních svobodách sice Ústavní soud formálně zamítl, ve skutečnosti se však ani pro vyhovění návrhu ani pro jeho zamítnutí nenašla dostatečná většina soudců - nález č. 24/1994 Sb. nálezů a usnesení Ústavního soudu).
Stále tedy platí zákon z r. 1990, který je sice svými východisky demokratický, mnohé závažné otázky však výslovně neřeší a řešení přenechává praxi, která je rozkolísaná a v mnohém závisí na aktuální politické konstelaci. Zejména samotné právní postavení vysokých škol není dostatečně jasné, protože jsou sice (stejně jako jejich fakulty) přímo ze zákona právnickými osobami, mají však být financovány ze státních zdrojů a jsou proto pojímány jako státní (příspěvkové) organizace, které nemají vlastní majetek a s majetkem státu pouze hospodaří.
V roce 1932 význačný český konstitucionalista prof. Vavřínek v polemice proti pojetí universit jako pouhých státních ústavů napsal: "Jest dobrodiní pro stát, kde uvnitř jeho skladby jsou nezávislé korporace, které mají schopnost samosprávy, jejich trvalost omezuje všemocnost státu, v jejich užším kruhu možno svobodně se rozvíjeti, dosíci cti a pravé důstojnosti ve sboru, proniknutém týmž přesvědčením společného ducha a povinnosti stavu, bez potřeby zavděčovat se mocným nebo lichotiti davu veřejného mínění". Tato myšlenka je ve své podstatě platná dosud a také jí se inspiroval tento návrh.
Ústava České republiky sice o vysokých školách a jejich právu na samosprávu nic nestanoví (upravuje jen územní samosprávu a zaručuje samosprávu územních samosprávných celků), její demokratická východiska však dovolují závěr, že stejně jako územní společenství občanů (obce ve smyslu územním) mají právo na samosprávu i ona "vysokoškolská" společenstva "učících a učících se" (universitas doctorum, magistrorum et scholarium) - ve svém původním významu, tedy akademické obce, s jejichž existencí i dosavadní zákon vysoké školy nerozlučně spojuje, a na nichž samosprávu vysokých škol zakládá.
Listina základních práv a svobod zaručuje každému právo na vzdělání, včetně vzdělání vysokoškolského - státním občanům České republiky navíc zaručuje podle jejich schopností a možností společnosti vysokoškolského vzdělání bezplatné (čl. 33 odst. 1,2). Zákon má stanovit, za jakých podmínek mají státní občané České republiky při studiu právo na pomoc státu (čl. 33 odst. 4).
Zřizovat soukromé (tj. jiné než státní, veřejné) vysoké školy a vyučovat na nich lze jen za podmínek stanovených zákonem, na takových školách se může vzdělání poskytovat za úplatu (čl. 33 odst. 3 Listiny).
Svoboda vědeckého bádání a umělecké tvorby je zaručena (čl. 15 odst. 2 Listiny). Zaručeny jsou svoboda projevu a právo na informace, každý má právo vyjadřovat své názory slovem, písmem, tiskem, obrazem nebo jiným způsobem, jakož i svobodně vyhledávat, přijímat a rozšiřovat ideje a informace. Omezení těchto práv je přípustné jen na základě zákona a z důvodů Listinou stanovených (čl. 17 Listiny).
Z těchto ústavních principů předkládaný návrh zákona vychází když koncipuje tuto organizační soustavu českého vysokého školství:
1. Veřejné vysoké školy nemají být propříště státními organizacemi, nýbrž právně samostatnými veřejnoprávními korporacemi způsobilými mít vlastní majetek a vystupovat v právních vztazích vlastním jménem. Protože stát má ústavní povinnost zajišťovat realizaci práva na vysokoškolské vzdělání, ukládá mu návrh na jedné straně závažné právní povinnosti (zejm. poskytovat veřejné vysoké škole každoroční stálou dotaci § 30), na straně druhé mu poskytuje vůči veřejné vysoké škole i rozsáhlá veřejnoprávní oprávnění mířící k tomu, aby veřejná vysoká škola poskytovala vysokoškolské vzdělání řádně nejen po stránce kvantitativní, ale zvláště také po stránce kvalitativní (§ 116 - § 126 - akreditace studijních programů, habilitačního řízení a řízení ke jmenování profesorem), aby statutární předpisy veřejné vysoké školy nevybočovaly z mezí zákona (§ 62), aby nevhodnými majetkoprávními úkony veřejné vysoké školy nebylo ohrožováno plnění jejích úkolů (§ 63) atd.
Současně mají veřejné vysoké školy vykonávat i některé působnosti v oboru státní správy ( § 127 písm. n. - obdoba tzv. přenesené působnosti obcí).
Návrh předpokládá, že dnem kdy zákon nabude účinnosti, přejde na veřejné vysoké školy vlastnictví majetku státu, k němuž jim zatím přísluší pouhé právo hospodaření (§ 28 odst. 2). Obdobně by tomu mělo být také u universitních nemocnic, jejichž zřízení je navrhováno (§ 59 odst. 3).
Veřejnými vysokými školami ve smyslu navrhovaného zákona by se přímo ze zákona měly stát dosavadní vysoké školy uvedené v příloze k zákonu (§ 136 odst. 1).
2. Existenci soukromých vysokých škol návrh připouští (§ 66), nepočítá však s tím, že by se měly stát páteří českého vysokého školství. Oprávnění působit jako soukromá vysoká škola může mít jen právnická osoba se sídlem v České republice, které Ministerstvo školství udělilo státní souhlas.
3. Vojenské a policejní vysoké školy mají zcela specifickou funkci a proto i postavení odlišné od vysokých škol "civilních". Jejich hlavním úkolem by mělo být vychovávat a vzdělávat vojáky a policisty z povolání, což respektuje i dosavadní zákonná úprava mj. tím, že působnosti, které jinak náleží ministru (ministerstvu) školství, svěřuje ministru (ministerstvu) obrany resp. vnitra. Těmito vysokými školami jsou dosud Vysoká vojenská škola pozemního vojska ve Vyškově, Vojenská akademie v Brně, Vojenská lékařská akademie J. E. Purkyně v Hradci Králové a Policejní akademie v Praze, která uskutečňuje ucelenou část vysokoškolského studia, po jehož ukončení vydává vysvědčení, popř. přiznává titul "bakalář". Tyto vojenské a policejní akademie se z naznačených důvodů nemohou přetvořit v právně samostatné veřejnoprávní korporace a mělo by být proto zachováno jejich dosavadní postavení jakožto státních organizací (ústavů).
Návrh vidí řešení v tom, že dosavadní zákon o vysokých školách zůstane pro tyto akademie v platnosti do doby, kdy o nich bude přijat zvláštní zákon (§ 132). Jejich zařazení do rámce navrhovaného zákona by nebylo funkční a celkovou koncepci zákona by deformovalo.
Návrh není v rozporu s ústavním pořádkem České republiky ani s mezinárodními smlouvami podle čl. 10 Ústavy. Sám o sobě neklade nové nároky na plnění ze státního rozpočtu (předpokládá se, že celkovou výši stálých dotací pro veřejné vysoké školy rozepisovaných Ministerstvem školství by každodenně stanovil státní rozpočet, s nárokem soukromých vysokých škol na dotace ze státního rozpočtu se nepočítá).