S problematikou sdružení dále souvisí zejména zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ve znění pozdějších předpisů, a zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů. Zvláštní zákony svěřují sdružením určitá oprávnění s ohledem na specifické zaměření jejich činnosti. Jde např. o zákon č. 455/1991 Sb., o živnostenském podnikání (živnostenský zákon), ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 634/1992 Sb., o ochraně spotřebitele, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 102/1963 Sb., o rybářství, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 133/1985 Sb., o požární ochraně, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 244/1992 Sb., o posuzování vlivů na životní prostředí, a zákon č. 126/1992 Sb., o ochraně znaku a názvu Červeného kříže a o Československém červeném kříži.
Problémy působí zejména dosavadní negativní vymezení působnosti zákona č. 83/1990 Sb., nedostatečná regulace postavení organizačních jednotek sdružení, které jsou právnickou osobou, i neúplná úprava zániku sdružení.
1. Vzhledem k tomu, že zákon č. 83/1990 Sb. pozitivně nevymezuje účel, k němuž mohou být sdružení zakládána, lze při jeho aplikaci vycházet pouze z výkladu stávajícího negativního vymezení jeho působnosti, které je však nedostatečné. Zákon č. 83/1990 Sb. tak jednoznačně nevylučuje, aby pod jeho režim byla začleňována i sdružení, jejichž činnost nesouvisí s výkonem sdružovacího práva jako práva politického ve smyslu čl. 20 a práv ve smyslu čl. 25 a 27 Listiny základních práv a svobod. Jejich cíle jsou formulovány z pozice, že z působnosti zákona o sdružování občanů je výslovně vyloučeno pouze sdružování občanů v politických stranách a v politických hnutích, v církvích a náboženských společnostech, k výdělečné činnosti nebo k zajištění řádného výkonu určitých povolání.
Mezi těmito sdruženími lze např. uvést sdružení, jejichž záměrem je vybudování a provozování vodovodu, zřizování a provozování televizních kabelových rozvodů nebo obstarávání investičního kapitálu anebo podporování a zprostředkovávání obchodních a hospodářských vztahů mezi obchodními společnostmi v České republice a v jiných zemích. Další skupinu tvoří tzv. bytová sdružení, jež vznikají ve vazbě na nedůslednou a neúplnou právní úpravu obsaženou v zákoně č. 72/1994 Sb., kterým se upravují některé spoluvlastnické vztahy k budovám a některé vlastnické vztahy k bytům a nebytovým prostorám a doplňují některé zákony (zákon o vlastnictví bytů). Založení posledně uvedených sdružení bylo iniciováno v podstatě za jediným účelem, a to odkoupení domu od obce a zabezpečování jeho správy.
Zakládání sdružení k výše uvedeným účelům je velmi problematické, neboť tato forma právnické osoby má určitá specifika, která vyjadřují principy sdružovacího práva. Především jde o to, že zapojování občanů do činnosti těchto sdružení je založeno na osobním členském principu. Svoboda členství je svobodou osobní, která není majetkově vyjádřena. Nepřichází tudíž v úvahu např. převod členství ani dědění členství, stejně tak jako podíl na majetku (jmění) sdružení. Ze sdružení může každý kdykoliv vystoupit a členové neručí za závazky sdružení.
Jiným příkladem jsou občanská sdružení, jejichž založení je motivováno zákonem č. 161/1992 Sb., o registraci církví a náboženských společností, který umožňuje registraci náboženských společností, pokud se k nim hlásí zákonem stanovený počet osob. Vyloučení malých náboženských uskupení z působnosti citovaného zákona se projevuje v tendenci řešit jejich existenci jinou organizačně právní formou, a to formou sdružení podle zákona č. 83/1990 Sb.
2. Podle ustanovení § 6 odst. 2 písm. e) zákona č. 83/1990 Sb. mohou stanovy sdružení určit, které jeho organizační jednotky mohou jednat svým jménem, a jsou tedy právnickými osobami. Tato konstrukce se opírá o § 19 odst. 2 občanského zákoníku, podle něhož právnické osoby vznikají dnem, ke kterému jsou zapsány do obchodního nebo jiného zákonem určeného rejstříku, pokud nestanoví zvláštní zákon jejich vznik jinak. Současná úprava však neřeší otázky související se způsobem ustavování a zrušování těchto organizačních jednotek, ani s určením jejich statutárního orgánu.
3. Nevyhovující je též úprava zániku sdružení včetně jeho likvidace vzhledem k tomu, že zánik sdružení není vázán na výmaz ze seznamu vedeného ministerstvem. Podle ustanovení § 12 odst. 1 zákona č. 83/1990 Sb. sdružení zaniká dobrovolným rozpuštěním nebo sloučením s jiným sdružením, popřípadě pravomocným rozhodnutím ministerstva o jeho rozpuštění. Obdobně není dořešena otázka zániku organizačních jednotek, které jsou právnickými osobami. V této souvislosti tudíž zcela chybí zajištění ochrany práv třetích osob, s nimiž sdružení nebo jejich organizační jednotky, které jsou právnickými osobami, vstupují do smluvních vztahů.
4. Problematická je též délka lhůt stanovených zákonem č. 83/1990 Sb. Podle současné úpravy je ministerstvo povinno bezodkladně, nejpozději do 5 dnů, upozornit přípravný výbor na vady návrhu (§ 7 odst. 2 zákona č. 83/1990 Sb.). Pokud ministerstvo nezjistí důvod k odmítnutí registrace, je povinno provést registraci do 10 dnů od zahájení řízení (§ 9 odst. 1 zákona č. 83/1990 Sb.). Je zřejmé, že takto stanovené lhůty nevytvářejí dostatečný časový prostor pro posouzení návrhů na registraci, které jsou neustále velmi četné a mnohé z nich jsou po právní stránce komplikované.
5. V případě, kdyby sdružení vyvíjelo rasisticky zaměřenou či jinak extremisticky orientovanou činnost, zákon č. 83/1990 Sb. neumožňuje urychlit postup ministerstva při uplatnění zákonné sankce spočívající v jeho rozpuštění.
6. Zákon č. 83/1990 Sb. obsahuje též úpravu odborových organizací a organizací zaměstnavatelů, která je však neúplná a nepřesná. V zákoně č. 83/1990 Sb. není řešena otázka zániku těchto organizací, zcela chybí úprava jejich mezinárodních forem. U některých zákonných ustanovení nelze ani určit, zda se na odborové organizace a organizace zaměstnavatelů vztahují či nikoli vzhledem k tomu, že ve výčtu ustanovení zákona upravujících postavení těchto organizací jsou opomenuta (např. § 11, 13 a 15 zákona č. 83/1990 Sb.).
7. Závažným problémem je úprava sdružování stanovená zákonem č. 116/1985 Sb., která zůstala v rámci zásadní přeměny našeho právního řádu v uplynulých letech nedotčena. Na základě zákona č. 116/1985 Sb. se rozlišují tři druhy subjektů, a to mezinárodní nevládní organizace a organizace cizích státních příslušníků (souhrnně označované jako organizace s mezinárodním prvkem) a dále tzv. zvláštní organizace pro zastoupení zájmů České republiky v mezinárodní nevládní organizaci (dále jen „zvláštní organizace“). Citovaný zákon nebyl novelizován ani v návaznosti na přijetí rozsáhlé novely občanského zákoníku, která podstatně změnila pojetí právní subjektivity organizací a nově definovala právnické osoby, ani na přijetí nové právní úpravy podnikání (obchodní zákoník, živnostenský zákon), a ani v souvislosti s přijetím nové právní úpravy sdružovacího práva obsažené v zákoně č. 83/1990 Sb. Tato úprava není zcela v souladu s Listinou základních práv a svobod, která z hlediska sdružovacího práva nerozlišuje mezi občany a cizinci, zatímco zákon č. 116/1985 Sb. stanoví pro cizince odlišný režim. Současná právní úprava, založená na povolovacím principu, je navíc velmi kusá, chybí stanovení potřebných náležitostí a procedur. Z výše uvedeného plyne, že tato právní úprava je nevyhovující, překonaná a neúplná.
Užití termínu „spolek“ namísto dosavadní legislativní zkratky „sdružení“ přispěje k pojmovému odlišení této formy sdružování od jiných forem právnických osob, např. zájmových sdružení právnických osob podle § 20f občanského zákoníku. Tento cíl sleduje též úprava názvu spolku, jehož povinnou součástí bude označení registrovaný spolek nebo zkratka „r. s.“.
Na základě čl. 20 Listiny základních práv a svobod se může každý svobodně sdružovat ve spolcích, společnostech a jiných sdruženích nezávisle na jakémkoli projevu státní moci, tzn., že k výkonu tohoto práva není třeba povolení státního orgánu. Má-li však mít takto založený spolek povahu právnické osoby, je nezbytné stanovit pravidla pro nabytí této organizačně právní formy a podmínky její existence, tak jako tomu je u jiných sdružení ve smyslu zvláštních zákonů. Jde např. o obecně prospěšné společnosti podle zákona č. 248/1995 Sb., o obecně prospěšných společnostech a o změně a doplnění některých zákonů, o zájmová sdružení právnických osob podle § 20f občanského zákoníku. Dále jde o různé profesní komory zřizované zákony, např. Českou advokátní komoru, Českou lékařskou komoru, Českou komoru architektů, Komoru auditorů České republiky, Hospodářskou komoru České republiky. Vytvořením zákonného režimu pro spolek s postavením právnické osoby je sledováno zabezpečení jistoty právních vztahů, do nichž spolek vstupuje, aniž se jakkoli omezuje vznik „neformálních“ spolků, jež postavení právnické osoby nemají, a jejichž struktura a činnost je výlučně závislá na vůli zakladatelů těchto spolků. Může tedy jít i o společenství bez jakékoli formální úpravy, popř. o sdružení ve smyslu § 829 občanského zákoníku.
V rámci nové zákonné úpravy se stanoví v souladu s Listinou základních práv a svobod shodné podmínky sdružování pro každého, tzn. pro občany i pro cizince, kteří mohou zakládat spolky působící jak na území České republiky, tak spolky působící na území více států. Návrh dále umožní zahraničním spolkům, tzn. sdružením, spolkům, mezinárodním nevládním organizacím apod., založeným podle práva jiného státu se sídlem v zahraničí působit v České republice za stejných podmínek jako spolky založené podle tohoto zákona.
Zákon též upravuje vznik odborových organizací a organizací zaměstnavatelů, jakož i vznik mezinárodních odborových organizací a organizací zaměstnavatelů, majících postavení právnické osoby. Jejich vznik je nadále založen na evidenčním principu. Obdobně jako u zahraničních spolků návrh umožňuje působení uvedených organizací na území České republiky prostřednictvím jejich organizačních jednotek.
Navrhovaná úprava stanoví, za jakých podmínek lze založit spolek, který je právnickou osobou, a jeho organizační jednotky, dále pravidla pro jejich činnost a zánik.
Nová právní úprava se promítne do ustanovení § 12 odst. 1 písm. c) zákona č. 2/1969 Sb., ve znění pozdějších předpisů, které upravuje působnost ministerstva.
Nově zavedené instituty soudního přezkumu upozornění ministerstva na vady návrhu na registraci spolku a pozastavení činnosti či rozpuštění odborové organizace nebo organizace zaměstnavatelů soudem si vyžadují též změnu občanského soudního řádu.
Navrhovaná zákonná úprava respektuje mezinárodní smlouvy, kterými je Česká republika v této oblasti vázána. Jde zejména o Mezinárodní pakt o občanských a politických právech a Mezinárodní pakt o hospodářských, sociálních a kulturních právech (č. 120/1976 Sb.), Úmluvu o ochraně lidských práv a základních svobod (č. 209/1992 Sb.), Úmluvu o právním postavení uprchlíků (č. 208/1993 Sb.), Úmluvu o právech dítěte (č. 104/1991 Sb.), Úmluvu o provádění zásad práva organizovat se a kolektivně vyjednávat (č. 470/1990 Sb.) a Úmluvu o svobodě sdružování a o ochraně práva odborově se organizovat (č. 489/1990 Sb.).
Návrh zákona není v rozporu s platným komunitárním právem. Evropská unie podle čl. F Smlouvy o Evropské unii respektuje lidská práva, která zajišťuje Evropská úmluva o ochraně lidských práv a základních svobod, a která vyplývají z ústavních tradic společných členským státům, jako všeobecné právní zásady Společenství.
Platné právo Evropských společenství problematiku sdružovacího práva neupravuje. V této souvislosti je však třeba zmínit návrh nařízení Rady o statutu evropského spolku a návrh směrnice Rady doplňující statut evropského spolku s ohledem na postavení zaměstnanců (návrh Komise COM (91) 273/1 a 2, OJ C 99, 21.4.1992, ve znění návrhů COM/93/252/1 a 2, OJ 236, 31.8.93). Uvedený návrh nařízení předpokládá vymezení evropského spolku jako právnické osoby, úpravu jeho vzniku, vnitřní struktury včetně způsobu jednání jeho orgánů, dále úpravu jeho hospodaření a zániku. Podle zamýšlené úpravy by měl evropský spolek představovat specifický typ právnické osoby v rámci Evropských společenství. K výše uvedenému legislativnímu záměru Evropských společenství bylo při přípravě návrhu zákona přihlédnuto v obecně rovině.
Předpokládá se, že navrhovaná úprava bude mít dopad na státní rozpočet s ohledem na potřebu technického vybavení ministerstva v souvislosti se zavedením rejstříku spolků nebo jejich evidence a náklady spojené se zabezpečením potřebného počtu zaměstnanců. Podle odhadu jde o jednorázovou částku ve výši 800 000 ,- Kč na potřebné technické vybavení a přibližně 900 000,- Kč ročně v souvislosti s předpokládaným zvýšením počtu zaměstnanců ministerstva nejméně o 4 zaměstnance, z toho 1 s vysokoškolským vzděláním v oboru právo. Uvedená částka zahrnuje náklady na mzdy, pojistné a příděl do Fondu kulturních a sociálních potřeb. Dosud je úsek sdružování včetně agendy politických stran a politických hnutí zabezpečován 9 zaměstnanci, z toho 4 s vysokoškolským vzděláním.
Dopad na státní rozpočet má též provedení likvidace spolku v případě, kdy je likvidátor jmenován ministerstvem. Odhaduje se, že likvidace jednoho spolku si v průměru vyžádá částku 50 000,- Kč ze státního rozpočtu, pokud tuto částku nelze uhradit z majetku spolku. V dosavadní praxi šlo pouze o 1 případ, lze však předpokládat, že v budoucnu může jít o více případů ročně.