Ústavní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Dity Řepkové, soudce zpravodaje Tomáše Langáška a soudce Jana Wintra o ústavní stížnosti stěžovatelky P H A R M N E T s.r.o., sídlem [adresa] zastoupené advokátem Mgr. Jakubem Šotníkem, sídlem [adresa] Brno, proti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 8. ledna 2026 č. j. 6 Afs 107/2025-56, za účasti Nejvyššího správního soudu, jako účastníka řízení a Odvolacího finančního ředitelství, jako vedlejšího účastníka řízení, takto:
Výrok
Ústavní stížnost se odmítá.
Odůvodnění
1. Stěžovatelka se ústavní stížností domáhá zrušení výše uvedeného rozhodnutí. Namítá porušení svého ústavně zaručeného práva na spravedlivý proces dle čl. 36 odst. 1 a 2 Listiny základních práv a svobod (dále jen "Listina") a čl. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a svobod. Kromě toho také tvrdí, že došlo k porušení principu právní jistoty (resp. legitimního očekávání) dle čl. 1 odst. 1 Ústavy České republiky a práva vlastnit majetek dle čl. 11 odst. 1 a také čl. 11 odst. 5 Listiny, dle kterého lze ukládat daně a poplatky jen na základě zákona. 2. U stěžovatelky byla provedena daňová kontrola na daň z příjmů právnických osob, která se zaměřila na oprávněnost uplatnění odčitatelné položky od základu daně na podporu výzkumu a vývoje dle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. Podle správce daně služby poskytované stěžovatelkou nesplňovaly podmínky pro uplatnění odpočtu. Proto správce daně doměřil daň z příjmů právnických osob za dvě relevantní zdaňovací období a stanovil stěžovatelce povinnost uhradit penále z doměřené daně. Proti dodatečným platebním výměrům se stěžovatelka bránila odvoláním, které Odvolací finanční ředitelství (vedlejší účastník) zamítlo. Rozhodnutí vedlejšího účastníka napadla stěžovatelka žalobou ve správním soudnictví. Městský soud v Praze žalobu zamítl a dospěl k závěru, že činnost stěžovatelky (byť vysoce odborná) nepředstavovala výzkum a vývoj ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, protože neobsahovala prvek novosti ani nepřispívala k odstranění výzkumné či technické nejistoty. Rozsudek městského soudu napadla stěžovatelka kasační stížností. Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl (napadený rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 8. ledna 2026 č. j. 6 Afs 107/2025-56). Nejvyšší správní soud vysvětlil, že stěžovatelka nenesla riziko výzkumné nejistoty, protože to leželo na zadavatelích klinického hodnocení, a byli to tak oni, kdo mohli uplatnit odpočet.
3. Ústavní stížnost je zjevně neopodstatněná.
4. Ústavní soud v řízení o ústavní stížnosti podle čl. 87 odst. 1 písm. d) Ústavy zasáhne do rozhodovací činnosti soudů pouze tehdy, pokud byla pravomocným rozhodnutím těchto orgánů porušena ústavně zaručená základní práva nebo svobody stěžovatele. Ústavní soud není další běžnou soudní instancí a porušení jiné než ústavní normy nezakládá pravomoc k jeho kasačnímu zásahu.
5. Podle stěžovatelky spočívá porušení jejích základních práv v tom, že soudy nesprávně vyhodnotily otázku, zda byla činnost stěžovatelky výzkumem a vývojem dle zákona o daních z příjmů. Podle Nejvyššího správního soudu se v tomto případě o výzkum a vývoj ve smyslu tohoto zákona nejednalo. Stěžovatelka tvrdí, že závěry Nejvyššího správního soudu jsou v rozporu s pokyny Ministerstva financí, že jí soudy stanovily další podmínky nad rámec zákona a že v její činnosti je obsažen prvek novosti a výzkumná nejistota, takže její činnost je výzkumem a vývojem ve smyslu zákona o daních z příjmů.
6. Klíčovou a v podstatě jedinou námitkou stěžovatelky je to, že nesouhlasí s výkladem konkrétních ustanovení zákona [§ 34 odst. 4 a § 34b odst. 2 písm. b) bodu 2 zákona o daních z příjmů], resp. jejich aplikací ze strany Nejvyššího správního soudu. Stěžovatelka v podstatě nevznáší ústavněprávní argumentaci. Není však rolí Ústavního soudu, aby nahrazoval obecné soudy, kterým je svěřen výklad a aplikace podústavních předpisů.
7. Výklad, který použily orgány finanční správy a následně i oba správní soudy ve svých rozhodnutích, není nepředvídatelný ani svévolný, vychází z dlouhodobé a ustálené judikatury Nejvyššího správního soudu. V této souvislosti Ústavní soud odkazuje zejména na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 6. 2020 č. j. 7 Afs 447/2018-55 nebo na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 1. 4. 2022 č. j. 6 Afs 264/2021-43 (rozhodnutí Nejvyššího správního soudu jsou dostupná pod https://vyhledavac.nssoud.cz). Z této judikatury vyplývá, že nárok na odpočet nákladů za výzkum a vývoj je možný jen tehdy, musel-li ten, kdo takový nárok na odpočet nákladů uplatňuje, podstoupit riziko spojené s novostí jím uplatňovaného přístupu. Jinak by totiž - zjednodušeně řečeno - o výzkum a vývoj nešlo. Tyto závěry byly klíčové i pro rozhodnutí o kasační stížnosti stěžovatelky.
8. Podle Nejvyššího správního soudu se výzkumná nejistota v případě stěžovatelky týkala samotného léčiva, nikoliv postupů vykonávaných v rámci klinické studie. V případě negativních výsledků klinického hodnocení by nebyla zmařena investice stěžovatelky, ale zadavatele klinického hodnocení, který nesl riziko. Za činnost stěžovatelky jí zadavatel zaplatil a riziko výzkumné nejistoty nenesla. Nebyla tedy oprávněna uplatnit odpočet na dani z příjmu právnických osob, který slouží (mimo jiné) ke kompenzaci tohoto rizika. Pouhý nesouhlas stěžovatelky s těmito závěry nemůže založit důvodnost ústavní stížnosti. Ústavní soud přezkoumal napadené rozhodnutí a neshledal žádné pochybení, které by mělo zakládat jeho protiústavnost. Nejvyšší správní soud srozumitelně vysvětlil, jak došel ke svým závěrům a řádně je odůvodnil. Zejména poskytl výklad relevantních zákonných ustanovení, která aplikoval na věc stěžovatelky. Ústavní soud tedy porušení ústavně zaručených práv stěžovatelky neshledal.
9. Co se týče namítaného rozporu výkladu zákona ze strany soudů s pokyny Ministerstva financí, jde o námitku materiálně nepřípustnou. Stěžovatelka ji totiž uplatňuje poprvé až v řízení před Ústavním soudem, resp. stěžovatelka v ústavní stížnosti netvrdí, že by uvedenou argumentaci již předestřela například právě správním soudům a že by se s ní správní soudy nevypořádaly vůbec nebo nevypořádaly dostatečně. Navíc tyto pokyny nejsou pro soudy závazné - na rozdíl od zákona, který soudy v dané věci ústavně souladně vyložily a aplikovaly.
10. S ohledem na výše uvedené Ústavní soud odmítl ústavní stížnost jako návrh zjevně neopodstatněný (§ 43 odst. 2 písm. a) zákona o Ústavním soudu).
Poučení: Proti usnesení Ústavního soudu není odvolání přípustné.
V Brně dne 3. července 2026
Dita Řepková v. r. předsedkyně senátu